Celem zintegrowanej szkoły doktorantów jest wykształcenie dojrzałych i świadomych naukowców. Szczególny nacisk jest położony na współpracę międzynarodową oraz zacieśnienia współpracy pomiędzy partnerami KNOW.
Program studiów doktoranckich został opracowany specjalnie na potrzeby Zintegrowanej Szkoły Doktoranckiej „Zdrowe Zwierzę – Bezpieczna Żywność”. W czasie pierwszego roku studiów doktoranci w ciągu 6 miesięcy odbędą obowiązkowe staże (po miesiącu w jednostce każdego Konsorcjanta oraz 1 miesiąc stażu zagranicznego). Podczas staży doktoranci biegle opanują nowoczesne metody badań naukowych (m.in. cytometrię przepływową, mikroskopię konfokalną, mikromacierze, Real-time PCR, hodowle komórkowe, metody badania komórek in vitro, pracę ze zwierzętami laboratoryjnymi oraz zapoznają się z różnymi sposobami pracy w laboratorium, prowadzenia laboratorium, analizy i archiwizowania danych. Ponadto, planowany jest bogaty i nowoczesny program dydaktyczny. Realizowane będą następujące przedmioty: ochrona własności intelektualnej i zasady komercjalizacji badań naukowych, źródła i metody aplikowania o fundusze, kurs pisania publikacji naukowych, komunikacja z mediami i PR, nowoczesne metody prowadzenia zajęć i prezentacji, ekonomia, biochemia, biochemia stosowana. Pozwoli to na wszechstronne naukowe wykształcenie doktorantów, które umożliwi im późniejsze świadome kierowanie rozwojem własnej kariery naukowej.
Oprócz tego, raz do roku organizowane będą „szkoły letnie”, w których wezmą udział zaproszeni czołowi naukowcy europejscy, naukowcy z instytucji Konsorcjantów, a doktoranci poza uczestnictwem w wykładach będą zobowiązani prezentować swoje wyniki.
Podczas studiów doktoranckich, każdy doktorant ma zagwarantowane stypendium w wysokości 2 500 zł miesięcznie oraz środki na realizację projektu w wysokości 150 000 zł, w oparciu o projekty promotorskie finansowane przez Konsorcjum Naukowe „Zdrowe Zwierzę – Bezpieczna Żywność”.