Laboratorium Proteomiki

Aparatura Badawcza:

1. MALDI-TOF ultrafleXtreme Bruker ^TM

Spektrometr masowy UltrafleXtreme jest jednym z najnowszych osiągnięć technicznych w dziedzinie spektrometrii mas typu MALDI-TOF/TOF, oferuje szerokie możliwości w badaniach proteomicznych, analizę typu Top-Down sekwencji białkowych, poszukiwanie biomarkerów czy obrazowanie profili białkowych tkanek MALDI,. UltrafleXtreme jest idealnym narzędziem w badaniach obejmujących następujące zagadnienia :

• identyfikację białek z żelu 2D (peptide mass fingerprinting w trybie MS i MS/MS)
• identyfikację i analizę ilościową białek metodą LC-MALDI (wspiera większość metod znakowania izotopami tj. ICPL, iTRAQ czy ICAT)
• zaawansowane analizy biomarkerów
• MALDI Imaging (obrazowanie tkanek w celu zbadania dystrybucji przestrzennej różnego rodzaju cząsteczek na podstawie ich mas)
• sekwencjonowanie de novo (tryb LID lub high-energy CID)

1. amaZon speed ETD Bruker ^TM

Spektrometr masowy amaZon speed ETD  jest analizatorem typu pułapki jonowej współpracującym z systemami chromatografii cieczowej (LC-MS/MS) umożliwia przeprowadzanie wielokrotnych eksperymentów fragmentacyjnych MSn.

Najważniejsze cechy systemu:

• najszerszy dostępny zakres mas w standardzie – do 6.000 m/z
• możliwość badania jonów dodatnich i ujemnych tego samego piku LC z czasem przełączania polaryzacji < 1 ms
• najlepsza czułość oraz dokładność mas wśród pułapek jonowych
• biblioteki dla analiz MS i MSn
• oprogramowanie do analiz białek/peptydów, biomarkerów, metabolitów, sekwencjonowania de novo, etc.
• zintegrowany pakiet oprogramowania Compass umożliwiający sterowanie większością dostępnych na rynku systemów HPLC, nanoLC i autosamplerów
• możliwość walidacji IQ/OQ/PV

1. The UltiMate® 3000 Nano LC systems Dionex
2. Proteineer fc II TM -The LC-MALDI Fraction Collector Bruker ^TM
3. Image Prep ^TM -Patented Matrix Preparation for MALDI Tissue Imaging Bruker ^TM
4. EXQuest Spot Cutter Bio-rad

Oprogramowanie Proteinscape umożliwia interaktywną analizę danych wykorzystaniem serwera MASCOT, tworzenia skryptów autooptymalizacyjnych oraz integracji z pakietem oprogramowania do kompleksowego zarządzania projektami proteomicznymi.